主要有以下几方面：①操作条件及应用范围不同对于气相色谱，是加温操作。仅能分析在操作温度下能汽化而不分解的物质，对高沸点化合物、非挥发性物质、热不稳定化合物、离子型化合物及高聚物的分离、分析较为困难，致使其应用受到一定程度的限制，据统计只有大约20%的有机物能用气相色谱分析。而液相色谱是常温操作，不受样品挥发度和热稳定性的限制，它非常适合相对分子量较大，难汽化，不易挥发或对热敏感的物质、离子型化合物和高聚物的分离分析，大约占有机物的70%~80%。
快速液相色谱纯化
使用快速色谱法进行纯化的缺点是该方法固有的分辨率较低。快速液相色谱柱使用更大的粒径和柱容量，允许使用更多的起始材料，waters H-class液相供应商，但以分辨率和纯度为代价。如果化合物不需要更高的纯度，或者如果下一步将进行 HPLC，这可能是您的选择。
1、确定溶剂系统
样品的纯度（即混合物中有多少化合物）可以使用薄层色谱法 (TLC) 和组分的相对极性进行定性测定。使用 TLC 预先筛选佳流动相和固定相将节省时间和金钱。根据所使用的溶剂，您可能需要在通风柜中运行色谱柱，因为存在潜在的危险烟雾。
通过与试样预处理技术相配合，液相色谱法所达到的高分辨率和高灵敏度，可分离并同时测定性质上十分相近的物质，能够分离复杂混合物中的微量成分。并且随着固定相的发展，还可在充分保持生化物质活性的条件下完成对其的分离。(2)生化分析由于液相色谱法具有高分辨率、高灵敏度、速度快、色谱柱可反复利用，流出组分易收集等优点，因而被广泛应用到生物化学、食品分析、研究、环境分析、无机分析等各种领域，并已成为解决生化分析问题有前途的方法。
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